قصة الفيلم تدور حول جوهرة تدعى ” سيدة السماء ” يحاول كيد سرقتها، هذه الجوهرة وضعها جيروكيشي عم سونوكو في أكبر منطاد في العالم متحديًا كيد بسرقتها. في نفس المنطاد يتواجد كل من كونان، ران، كوغورو والبقية والذين يحضرون هناك بدعوة من سونوكو صديقة ران، ولكن فجأة يختطف المنطاد من قبل جماعة إرهابية تدعى ” شامو -- نيكو الحمراء ” التي سرقت أحد الامراض البيلوجيه ولا أحد يعرف أهدافها، فيشتد الصراع وتلتهب الأحداث وفي نهاية الامر يكتشف كونان (سينشي) ان زعيم تلك العصابة علي هذا المنطاد ولقد كان متنكرا علي شكل أحد الموصابين بهذا المرض يكتشف كونان هذا وفي النهاية يتمكن من التغلب علية بمساعدة كيد وان هذا المرض البيولوجي لم يسرق.