تدور أحداث قصة الفيلم حول قضية مُغلقة في سفينة ما تُدعى إيجيس محمية من قِبل وزارة الدفاع اليابانية،و بالتعاون كذلك مع وزارة الدفاع البحرية الذاتية.تبدأ القصة عندما يتم العثور على جثة أحد أعضاء قوات الدفاع البحري الذاتي ناقص الذراع الأيسر بعدما عرفوا أن هنالك جاسوسًا قد تسلل إلى السفينة إيجيس نفسها مسببًا اضطرابات، وكذلك يضع ران في خطر مُحدق للغاية. يضطر كونان مع صديقه هيجي هاتوري لمواجهة هذا الجاسوس الغامض أو كما يُدعى بحرف إكس دلالة على أنه غامض و مجهول. هذا ويكون البروفيسور أغاسا قد عدل على ساعة كونان المخدرة.
